Divisi malaria memiliki track record yang cukup panjang dalam penelitian malaria di Indonesia, terutama di bidang imunologi malaria termasuk serologi malaria di daerah dengan endemisitas malaria yang rendah dan tinggi serta penggunaan spatial analysis untuk transmisi malaria. Divisi malaria juga telah membangun kerjasama yang kuat dengan berbagai partner di tingkat nasional maupun internasional. Partner di tingkat nasional antara lain adalah Subdirektorat Malaria Kementerian Kesehatan RI, Kementerian Ristekdik, Dinas Kesehatan di berbagai provinsi dan kabupaten, UNICEF Indonesia, Eijkman Instute, dan organisasi profesi. Adapun partner internasional antara lain adalah WHO/TDR, Asia Pacific Malaria Elimination Network (APMEN), London School of Hygiene and Tropical Medicine, dan berbagai partner lain di bidang penelitian malaria.
Penelitian
| Tahun | Penelitian |
| 2013 – 2015 | Serological Survey of angenic markers related to malaria transmission in Sabang Aceh dan NTT |
| 2013 – 2017 | Serological Study Malaria in Free malaria areas of Kepulauan Seribu DKI and Bali |
| 2013 – 2014 | Spatial analysis of the incidence of G6PD mutations in plasmodium malaria infeticon in South Central Timor ( SCT), East Nusa Tenggara (ENT ) Province, Indonesia |